في ظل تلك الفوضى والشتات استجلبت الإمامة من الحجاز فحلّ الإمام يحيى بن الحسين على صعدة وقبائلها سنة 284هـ، ولقب نفسه بالهادي وبدأ يدعو إلى الإمامة، والتشيع بخوض الحروب الطاحنة ضد اليمنيين.
ولما قامت ملوك الغزاونة وسلاطين السلاجقة بتحريك الحنابلة والحشوية، بإبادة المعتزلة وقتلهم وتسعير النار في مكتباتهم وآثارهم وفي عقر دارهم، عمد بعض الزيدية، بنقل ما أمكن من كتبهم من العراق إلى اليمن منهم القاضي عبد السلام 550 ـ 573هـ فقد نقل المغني للقاضي عبد الجبار، والأصول الخمسة، وغيرهما من الآثار الكلامية لهم من العراق إلى اليمن، وكانت اليمن تحتضن بها إلى أن نشرتها أخيراً البعثة العلمية المصرية بعد الفحص في مكتبات اليمن، وللزيدية فضل حفظ بعض تراث المعتزلة من الاندثار والانطماس.
أما الزيدية، فيقول الإمام يحيى بن حمزة الزيدي: «اعلم أن الذي نعتقده ونراه ونحب أن نلقى الله عز وجل عليه، هو ما عليه السلف الصالح من آبائنا من أكابر أهل البيت المقتصدين منهم والسابقين، أن أمير المؤمنين أفضل الخلق بعد رسول الله صلى الله عليه وآله وسلم؛ بما خصه الله به من الفضائل الظاهرة التي لم يحزها أحد بعده ولا كانت لأحد قبله».