أضرار العرقسوس للعرقسوس فوائد عديدة كما ذكرنا، إلا أن تناوله بكميات كبيرة قد تؤدي إلى بعض الأضرار، أو قد يتسبب بأضرار جانبية في بعض الحالات مثل الحمل.
كما أن العرقسوس قد يمنع السمنة المرتبطة بفقدان هرمون الإستروجين مع اقتراب سن اليأس التي يصاحبها انخفاض كبير في مستويات هذا الهرمون؛ وذلك لأن العرقسوس يقوم بتأثير مشابه لهرمون الإستروجين.
المادة الفعالة في عرق السوس هي الكلتيسريتسن، وثبت أن عرق السوس يحتوي على مواد سكرية وأملاح معدنية من أهمها البوتاسيوم، والكالسيوم، والماغنسيوم، والفوسفات، ومواد صابونية تسبب الرغوة عند صب عصيره، ويحتوي كذلك على زيت طيار.