طرق الحفظ بتغيير التركيب الأصلي تُحفظ الأحافير بتغيير تركيبها الأصلي من خلال عدة طرق، كما هو موضح أدناه: الكربنة الكربنة بالإنجليزية: Carbonization تحدث الكربنة عادةً للنباتات والكائنات الحية ذات النسيج الليّن، إذ تتعرض بقايا النبات أو الحيوان المدفون لعملية سحق شديدة نظرًا لوزن الصخور الموجودة فوقها، الأمر الذي ينتج عنه انطلاق غازات الهيدروجين والكربون والأكسجين منها بعد زيادة الحرارة والضغط، فيتحول الكائن إلى بقايا كربونية توفّر طبعًا عما كان عليه شكل الكائن قديمًا.
وفي بعض الأحيان، يُعتقد أن الكتل المتحجرة نوع من أنواع الأحافير، كما أنها قد تحتوي على أحافير، ولكنها بوجه عام ليست أحافير بحد ذاتها.
يمكن حفظها في وقت جيولوجي داخل حصى العنبر.