إذا تم جمع النفايات بانتقائية مناسبة، فقد تكون هناك آثار للمخلفات الكيميائية والعقاقير في النفايات الطبية المعدية على سبيل المثال مسحات القطن والصوف والسدادات ومجموعات التسريب والمحاقن وما إلى ذلك.
إذا لم يكن هناك خيار آخر، قد يتم تطهير هذه المواد كيميائيا بعد تمزيقها.
تُستخدم طريقتان أساسيتان لمعالجة خطر العدوى التي تشكلها الأدوات الحادة - الحد من العدوى، أو الحد من هذه الأمراض.
حرق أنواع معينة من النفايات الطبية، وخاصة تلك التي تحتوي على المعادن الثقيلة أو الكلور، قد ينشر المواد السامة في الغلاف الجوي بسبب، على سبيل المثال، درجات الحرارة العالية أثناء عملية الحرق أو عدم كفاية مراقبة الانبعاثات.
بعد عملية التشعيع، يتم ضغط النفايات في حاوية ثم إطلاقها في مجرى النفايات البلدية.
إن النفايات الطبية الصلبة وحتى الخطرة للغاية مثل المستنبتات الميكروبيولوجية والأدوات الحادة، وما إلى ذلك، يمكن تطهيرها كيميائية.